Trifluoroacetamidine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะ กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าสำคัญในการค้นพบยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ Trifluoroacetamidine ถูกใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิว ซึ่งให้ความต้านทานทางเคมีและความทนทานที่เพิ่มขึ้น ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับนิวคลิโอไฟล์ยังทำให้เป็นสารเคมีที่เป็นประโยชน์ในเคมีเปปไทด์และการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุล