Trifluoroacetamidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายา โดยนำมาใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร เพื่อสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง กลุ่ม trifluoromethyl ที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค Trifluoroacetamidine ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุเพื่อพัฒนาวัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความต้านทานความร้อนและสารเคมีที่ดีขึ้น