4-Fluorobenzamidine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ สำหรับการผลิตสารประกอบทางเภสัชภัณฑ์หลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารยับยั้งเซรีนโพรทีส ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคเช่น โรคหลอดเลือดอุดตัน การอักเสบ และตับอักเสบซี นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอะโรมาติกที่ฟลูออรีน ซึ่งสำคัญในด้านเกษตรเคมีและวิทยาศาสตร์วัสดุ ความสามารถของสารนี้ในการเป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำให้จำเป็นต่อเคมียารักษาและการวิจัยค้นพบยา