3,4-Difluoro-benzamidine Hydrochloride ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังอาจใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นสำหรับการศึกษาทางวิทยาศาสตร์และการทดลองทางคลินิก