2-Ethoxybenzamidine Hydrochloride ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค งานวิจัยหลายชิ้นแสดงให้เห็นว่าสารนี้มีบทบาทสำคัญในการยับยั้งเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อและการอักเสบ ดังนั้นจึงเป็นที่สนใจในวงการแพทย์และเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนายาใหม่ๆ