N-Sulphamyl-3-chloropropionamidine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม สารนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านแบคทีเรียหรือต้านจุลชีพ โครงสร้างทางเคมีของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำให้จำเป็นต่อการวิจัยทางเคมีเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจเส้นทางชีวเคมีและเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่สาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งใช้ในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะที่จำเป็นสำหรับการพัฒนายาขั้นสูง