2-Chlorobenzamidine Hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์อนุพันธ์เบนซิเมดาซอล ซึ่งจำเป็นในการสร้างยาที่มีคุณสมบัติต้านเชื้อรา ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาเคมีเกษตร สนับสนุนการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ความตอบสนองของมันกับสารประกอบอินทรีย์อื่นๆ ทำให้เป็นสารเคมีหลากหลายในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน