N-Benzylacetamidine hydrobromide ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มอามิดีน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวแอนตากอนิสรีเซพเตอร์ มันมักถูกนำมาใช้ในการผลิตสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคหัวใจและหลอดเลือด ภาวะอักเสบ และความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ความตอบสนองของมันยังช่วยให้สามารถนำมาใช้ในการสร้างเพปไทโดมิมิติก ซึ่งจำเป็นต่อการค้นพบยาในการเลียนแบบโครงสร้างเปปไทด์ สารประกอบนี้ยังพบการประยุกต์ใช้ในสถานที่วิจัยสำหรับการศึกษาการโต้ตอบระดับโมเลกุลและการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่