N-(2-Chloro-phenyl)-guanidine hydrochloride ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายคลึงกัน มักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบโมเลกุลเพื่อยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับโรคต่างๆ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาหรือวินิจฉัยโรค อย่างไรก็ตาม การใช้งานส่วนใหญ่อยู่ในขั้นตอนการทดลองทางวิทยาศาสตร์และยังไม่มีการนำมาใช้ในเชิงพาณิชย์อย่างแพร่หลาย