ฟอร์มามิดีนไฮโดรคลอไรด์ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตยาต้านฮิสตามีนและยาต้านไวรัส เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงอิมิแดซอลและสารเฮเตโรไซคลิกที่มีไนโตรเจนอื่นๆ ในภาคเกษตร ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เพื่อช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและวัชพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นสารยึดสี เพื่อเพิ่มความคงทนของสีบนผ้า บทบาทในงานวิจัยทางเคมีก็มีความสำคัญ โดยใช้ในการพัฒนาวัสดุใหม่และกระบวนการเคมี