S-Methylisothiourea sulfate ถูกนำมาใช้เป็นหลักในฐานะสารเคมีในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมอนุพันธ์กวานิดีน ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม รวมถึงยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคหัวใจและหลอดเลือดและความดันโลหิตสูง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารยับยั้งเฉพาะสำหรับเอนไซม์ nitric oxide synthase ซึ่งช่วยในการศึกษาบทบาทของ nitric oxide ในกระบวนการทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่างๆ ที่สำคัญ มันยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ช่วยเสริมการป้องกันพืชผล ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาทางเคมีทำให้เป็นสารกลางที่เป็นประโยชน์ในสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรมและห้องปฏิบัติการ