3-Methoxybenzamidine hydrochloride ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของสารประกอบอะมิโน ซึ่งช่วยในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น