2-Methoxyacetimidamide hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกต่างๆ ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ กลุ่มอิมีดาไมด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยให้เกิดโครงสร้างที่ซับซ้อน ทำให้มีคุณค่ากในการวิจัยเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมีของมันยังทำให้มีประโยชน์ในห้องปฏิบัติการวิชาการและอุตสาหกรรมสำหรับการสำรวจเส้นทางสังเคราะห์ใหม่