เอทิลเบนซิมิเดต ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักเป็นตัวเรเจนต์ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์เพื่อเตรียมอะมีดีน โดยการทำปฏิกิริยากับเอมีนปฐมภูมิ ตามรูปแบบของปฏิกิริยา พินเนอร์ มีความสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์เบนซามิดีน ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในเคมียาและสารกลางเภสัชกรรม นอกจากนี้ ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีน รวมถึงการสังเคราะห์กวานิดีนและสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลาย ความเสถียร และความสะดวกในการจัดการ ทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาในเฟสละลายและเฟสของแข็งในห้องปฏิบัติการวิจัย