ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านเชื้อราและต้านแบคทีเรีย กลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความคงตัวทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ยังใช้บ่อยในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับสร้างยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ fluorinated สำหรับใช้ในเคมียารักษาโรคและการพัฒนา radiotracer