ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างโครงสร้างของเปปไทด์หรือสารชีวโมเลกุลที่มีความซับซ้อน เนื่องจากหมู่ tert-butyldimethylsilyl (TBS) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่แอลกอฮอล์ ซึ่งช่วยป้องกันไม่ให้หมู่ -OH ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนอื่นที่ไม่ต้องการ ทำให้สามารถควบคุมทิศทางของปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ โดยสามารถถอดหมู่ป้องกันนี้ออกได้ภายหลังด้วยตัวทำละลายหรือตัวเร่งปฏิกิริยาเฉพาะ เช่น กรดฟลูออรีน จึงนิยมใช้ในสังเคราะห์สารธรรมชาติหรือยาที่ต้องการความบริสุทธิ์และโครงสร้างที่ถูกต้องสูง