ใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการสร้างสารติดฉลากโปรตีนหรือเพปไทด์ เนื่องจากหมู่อะมิโนที่ปลายสายสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่คาร์บอกซิลของโปรตีนได้ ในขณะที่หมู่คลอโรอะซิทามายด์สามารถทำหน้าที่เป็นตัวทำให้เกิดการเชื่อมขวาง (cross-linking agent) ได้ จึงเหมาะสำหรับการศึกษาโครงสร้างและการโต้ตอบของโปรตีนในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านจุลชีพหรือสารกระตุ้นการทำงานของเอนไซม์