ใช้เป็นสารกลางในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายในปฏิกิริยาหลายขั้นตอน ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่มีฐานเป็นแอมไอด์ ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ยาชาเฉพาะที่และยาต้านการอักเสบ เนื่องจากความสามารถในการเลียนแบบพันธะเปปไทด์และโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ในยาฆ่าแมลง การมีกลุ่มคลอโรอะซีตามไอด์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแอลคิลเลชัน ซึ่งอำนวยความสะดวกในการนำโมเลกุลเบนซิลอะไมด์เข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน