เฮกซานาไมด์ใช้หลักlyเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยา สารเคมีเกษตร และเคมีภัณฑ์ละเอียด มีบทบาทเป็นสารตั้งต้นที่สามารถไฮโดรไลซ์ได้เป็นกรดเฮกซาโนอิกและแอมโมเนีย เพื่อเตรียมอนุพันธ์กรดคาร์บอกซิลิกต่าง ๆ เนื่องจากมีหมู่อะไมด์ จึงใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการไฮโดรไลซ์ของอะไมด์ ปฏิกิริยาเอนไซม์ และพฤติกรรมของหมู่อะไมด์ในโมเลกุลขนาดเล็ก นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารลดแรงตึงผิว น้ำมันหล่อลื่น ยับยั้งการกัดกร่อน และเป็นสารเติมแต่งในพลาสติกและเรซิน