ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลาง (intermediate) ในการผลิตยาต่างๆ โดยเฉพาะในกลุ่มที่ต้องการโครงสร้างของแอมโมนิกที่มีการป้องกันหมู่ (protected amine) เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะจุดในโมเลกุล นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างของสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากหมู่ tert-butyloxycarbonyl (Boc) สามารถป้องกันหมู่อะมีนได้อย่างมีประสิทธิภาพและถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ ทำให้เหมาะกับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis)