บิวต์-3-อิน-1-อิล มีเทนซัลโฟเนต ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางที่ทำปฏิกิริยาในการสังเคราะห์อินทรีย์ กลุ่มอัลไคน์ของมันทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาเคมีคลิก โดยเฉพาะในการก่อตัวของไตรอาซอลผ่านการไซโคลอะดีชันของอะซายด์-อัลไคน์ที่เร่งด้วยทองแดง (CuAAC) สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุล เช่น เพปไทด์และโปรตีน ซึ่งช่วยให้สามารถติดกลุ่มฟังก์ชันหรือฉลากสำหรับการศึกษาไบโอเคมี นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร เนื่องจากความสามารถในการนำโมเลกุลอัลไคน์เข้าไปในโครงสร้างเป้าหมาย กลุ่มมีเทนซัลโฟเนตของมันยังเพิ่มความทำปฏิกิริยา ทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในการแปลงสารเคมีต่างๆ