5-Ethynyl-2-fluoropyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการสังเคราะห์สารเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่ม ethynyl และ fluorine ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่มีศักยภาพในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาเคมีต่างๆ เช่น ปฏิกิริยา click chemistry ซึ่งช่วยในการเชื่อมต่อโมเลกุลได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ๆ ที่อาจมีคุณสมบัติต้านมะเร็ง ต้านเชื้อแบคทีเรีย หรือออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท