1-Ethynylcyclohexylamine ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มเอทินิล (alkyne) และส่วน cyclohexylamine ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อน มักใช้ในปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) โดยที่กลุ่มเอทินิลเข้าร่วมในกระบวนการไซโคลอะดีชันเพื่อสร้างไตรอาซอล ซึ่งมีความสำคัญในการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ นอกจากนี้ ยังเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์ตัวแทนบำบัดที่อาจใช้ได้ รวมถึงยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง ความหลากหลายในปฏิกิริยาเคมียังทำให้มีประโยชน์ในการเตรียมเคมีภัณฑ์ละเอียด (fine chemicals) และวัสดุพิเศษ (specialty materials)