ใช้ Cyclooctyne-O-NHS ester ในการทำปฏิกิริยาคลิกเคมี (Click Chemistry) โดยเฉพาะปฏิกิริยากับอาไซด์ (azide) ผ่านกระบวนการที่เรียกว่า copper-free click reaction ซึ่งเหมาะสำหรับการติดป้าย (labeling) โมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน ดีเอ็นเอ หรือเซลล์ในระบบชีวภาพ โดยไม่ต้องใช้ทองแดงที่อาจเป็นพิษต่อเซลล์ เนื่องจากหมู่ NHS ester สามารถทำปฏิกิริยากับหมู่แอมีน (primary amine) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ จึงนิยมใช้ในการเชื่อมต่อ Cyclooctyne เข้ากับโมเลกุลที่มีหมู่ -NH2 เช่น แอนติบอดี หรือเพปไทด์ ก่อนนำไปใช้ติดป้ายสารที่มีหมู่อาไซด์ สารนี้จึงถูกนำมาใช้บ่อยในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล การถ่ายภาพทางชีวภาพ (bioimaging) และการพัฒนายา โดยเฉพาะในระบบส่งยาแบบเจาะจงหรือการติดตามโมเลกุลในเซลล์แบบเรียลไทม์