2-Aminopent-4-ynoic acid hydrochloride เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาเพปไทด์โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่มอะมิโนและส่วนอัลไคน์ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) ซึ่งช่วยในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับ เนื่องจากสามารถเลียนแบบกรดอะมิโนธรรมชาติในขณะที่นำเสนอกลุ่มฟังก์ชันที่ไม่เหมือนใคร รูปแบบ hydrochloride ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับการใช้ในสภาพแวดล้อมปฏิกิริยาน้ำ