เมทิล 2-อันดีไซโนเอตใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มฟังก์ชันอัลไคน์ของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่ากในการสร้างยาเคมีเกษตร และสารเคมีพิเศษ มักใช้ในปฏิกิริยาเคมีคลิก ซึ่งพันธะสามของมันช่วยอำนวยในการก่อตัวของไตรอะซอลหรือสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกอื่นๆ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์น้ำหอมและสารปรุงรส เนื่องจากความสามารถในการนำเสนอโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ ในงานวิจัย ใช้ในการศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับอัลไคน์และพัฒนากระบวนการเร่งปฏิกิริยาใหม่ ความหลากหลายในการแปลงเคมีทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ทั้งในอุตสาหกรรมและสถาบันการศึกษา