1-Iodo-3-methoxypropane ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารอัลคิลเลติ้ง (alkylating agent) โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเตรียมอีเทอร์และสารประกอบอินทรีย์อื่นๆ ผ่านปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก (nucleophilic substitution reactions) สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนในงานวิจัยเภสัชกรรม ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับอินเทอร์มีเดียตยา (drug intermediates) นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาสารเคมีพิเศษและวัสดุ รวมถึงโพลิเมอร์และสารลดแรงตึงผิว (surfactants) เนื่องจากคุณสมบัติการตอบสนองทางเคมีและความสามารถในการนำกลุ่มเมทอกซีอัลคิล (methoxyalkyl groups) เข้าสู่โมเลกุลเป้าหมาย บทบาทของมันในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions) ยังทำให้มีคุณค่าต่อสาขาเคมีออร์กาโนเมทัลลิก (organometallic chemistry)