Triethyloxonium hexafluorophosphate ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารอัลคิลเรทติ้ง (alkylating agent) ที่แรงในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับการนำกลุ่มเอทิลเข้าไปในสารตั้งต้นต่างๆ มันมีประสิทธิภาพสูงในการเตรียมเอทิลเอสเตอร์จากกรดคาร์บอกซิลิก ซึ่งช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนโมเลกุลที่ซับซ้อนในเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์ละเอียดได้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เกลือโอนีอัม (onium salts) ซึ่งเป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสีย้อม สีเม็ด และของเหลวไอออนิก นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเคมีเปปไทด์สำหรับการป้องกันและถอนการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันระหว่างการสังเคราะห์ ความตอบสนองที่แรงของมันทำให้มีคุณค่าสำหรับปฏิกิริยาที่เชี่ยวชาญซึ่งสารเคมีที่อ่อนโยนกว่าไม่สามารถทำการแปลงที่ต้องการได้