ไซโคลเพนทิล เมทาเนซัลโฟเนต ใช้หลักในฐานะสารอัลคิลเรติ้งเอเจนต์ในการสังเคราะห์อินทรีย์ มักนำไปใช้ในการเตรียมอินเทอร์มีเดียตเภสัชกรรมต่างๆ เนื่องจากสามารถถ่ายโอนกลุ่มไซโคลเพนทิลไปยังนิวคลีโอไฟล์ สารเคมีนี้มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนที่ต้องการการนำเข้าส่วนไซโคลเพนทิล นอกจากนี้ยังประยุกต์ใช้ในการพัฒนาเกษตรเคมีและเคมีละเอียด โดย reactivity และ selectivity ที่มีข้อได้เปรียบ บทบาทในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการสร้างยาที่มีศักยภาพด้วยประสิทธิภาพและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ปรับปรุงแล้ว