2-(เบนซิลอกซี)เอทิล เมทาเนซัลโฟเนต ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารอัลคิลเลติ้งเอเจนต์ ซึ่งช่วยในการนำกลุ่ม 2-(เบนซิลอกซี)เอทิล เข้าสู่โมเลกุลต่าง ๆ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมเภสัชภัณฑ์ โดยช่วยในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของยาตัวสมัครเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือความเสถียร นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาสารเคมีพิเศษ รวมถึงสารลดแรงตึงผิวและโพลิเมอร์ ซึ่งกลุ่มเอสเตอร์ซัลโฟเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยในการสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนที่มีคุณสมบัติเฉพาะทางฟังก์ชัน บทบาทของมันในงานวิจัยและพัฒนามีความสำคัญต่อการพัฒนาวัสดุใหม่และยารักษา