ไอโอโดอะซิโตนไนไทรล์ถูกใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารเคมีที่ยืดหยุ่นสำหรับการนำกลุ่มไซยาโนเข้าสู่อาหารต่าง ๆ ของสารประกอบอินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมเภสัชภัณฑ์ สารเคมีทางการเกษตร และสารเคมีพิเศษอื่น ๆ ในเคมีทางการแพทย์ มันถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมักเป็นส่วนประกอบที่ใช้งานในยา นอกจากนี้ ไอโอโดอะซิโตนไนไทรล์ยังถูกใช้ในการปรับแต่งเปปไทด์และโปรตีน ช่วยในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของพวกเขา ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับนิวคลิโอไฟล์ทำให้มันมีคุณค่าสำหรับปฏิกิริยาครอสคัปเปลลิง ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในวิทยาศาสตร์วัสดุ มันถูกใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และวัสดุขั้นสูงอื่น ๆ ที่มีคุณสมบัติเฉพาะ