โซเดียม 5-ไฮดรอกซีเฮกซาโนเอต เป็นสารเคมีพิเศษที่ใช้หลักๆ เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพในสาขาชีวเคมีและเภสัชกรรม ใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษากลไกทางเมแทบอลิซึมและเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับกรดไฮดรอกซี ในด้านการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม ทำหน้าที่เป็นวัตถุดิบตั้งต้นในการผลิตโพลิไฮดรอกซีอัลคาโนเอต (PHA) ซึ่งเป็นพอลิเมอร์ย่อยสลายได้ทางชีวภาพและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม