ใช้ในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรมฟลูออรีนเนื่องจากมีกลุ่ม trifluoromethyl ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ ทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะในโปรแกรมค้นพบยาที่มุ่งเป้าไปยังตัวยับยั้งเอนไซม์ หมู่ฟังก์ชันกรดคาร์บอกซิลิกและอะไมด์ช่วยให้สามารถปรับแต่งทางเคมีเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในเพปไทด์มิมเมติกส์ ซึ่งการฟลูออรีนมีผลต่อการคอนฟอร์เมชันและความสัมพันธ์ในการจับกัน