ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างกรด difluoroacetic ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและมีอิทธิพลต่อ lipophilicity ของผลิตภัณฑ์ยาสุดท้าย ทำให้เพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ คุณสมบัติหอมและฟลูออรีนของสารประกอบนี้ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกำจัดศัตรูพืชและวัสดุพิเศษที่ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนมีความสำคัญต่อกิจกรรม