ใช้ในสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นตัวทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อมต่อหรือตัวกลางในการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างยาหรือสารชีวภาพที่ต้องการความจำเพาะสูง หมู่ tert-butoxy มีคุณสมบัติเป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ที่ช่วยป้องกันไม่ให้หมู่ฟังก์ชันอื่นทำปฏิกิริยาในขั้นตอนที่ไม่ต้องการ ทำให้สามารถควบคุมทิศทางของปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis) ในห้องปฏิบัติการวิจัยและอุตสาหกรรมยา