เมทิลามีนไซยาเนตมีบทบาทหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันถูกนำมาใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาและสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ยังมีส่วนในการเตรียมสารเคมีพิเศษที่ใช้ในงานวิจัยและกระบวนการอุตสาหกรรม ความตอบสนองทางเคมีและความสามารถในการสร้างสารประกอบที่เสถียรทำให้สารนี้มีคุณค่าสำคัญในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง