N-Methylhex-5-en-1-amine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลาย โดยมักนำไปใช้ในการเตรียมสารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะสารที่ต้องการรวมกลุ่มฟังก์ชันเอมีน โครงสร้างของสารประกอบซึ่งมีทั้งส่วนเอมีนและอัลคีน ทำให้มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยา เช่น การเพิ่มแบบไมเคิล (Michael additions), การแทนที่นิวคลีโอฟิลิก (nucleophilic substitutions) และการพอลิเมอไรเซชัน (polymerizations) นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและเป็นหน่วยย่อยก่อสร้าง (building block) ในการสังเคราะห์โครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยให้มีความเสถียรและจัดการง่ายในห้องปฏิบัติการ