N-Methylhex-5-en-1-amine ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีเฉพาะทางและเภสัชภัณฑ์ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มเอมีนและอัลคีน ทำให้เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพ รวมถึงยาตัวสมัคร เนื่องจากสามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ เช่น อัลคิลเลชัน อะซิเลชัน และไมเคิลแอดดิชัน นอกจากนี้ ยังสามารถนำมาใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และสารลดแรงตึงผิว โดยที่หน้าที่ของกลุ่มเอมีนช่วยเสริมคุณสมบัติของวัสดุ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยสารเคมีเกษตร ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่