1-Bromo-3-hexyne ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมยา สารเคมีเกษตร และสารเคมีพิเศษ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Sonogashira coupling ซึ่งช่วยส่งเสริมการก่อตัวของพันธะคาร์บอน-คาร์บอนเพื่อสร้างอัลไคน์ที่มีกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะที่ปรับแต่งได้ รวมถึงวัสดุนำไฟฟ้าหรือวัสดุเรืองแสง อะตอมโบรมีนทำให้เป็นสารตั้งต้นที่ทำปฏิกิริยาได้ดีสำหรับการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ซึ่งช่วยให้สามารถพัฒนาโครงสร้างเคมีที่หลากหลาย