2-bromoacetaldehyde มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่บромและอัลดีไฮด์ที่มีอยู่ทำให้สามารถทำปฏิกิริยากับสารอื่นได้ง่าย เช่น การสร้างสาร heterocyclic หรือการเติมหมู่ฟังก์ชันใหม่ในโมเลกุล นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเพื่อการดัดแปลงโมเลกุลของโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิกในบางกรณี อย่างไรก็ตาม สารนี้มีพิษและไวต่อการเกิดปฏิกิริยา จึงต้องใช้ด้วยความระมัดระวังสูง