ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น การสังเคราะห์สารธรรมชาติหรือยา หมู่ซิลิลเอเทอร์ทำหน้าที่ป้องกันหมู่แอลกอฮอล์ไม่ให้ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนอื่น และสามารถกำจัดออกได้ภายหลังโดยใช้สารเคมีเฉพาะ เช่น ฟลูออรีนไอออน ทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ