ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในเภสัชภัณฑ์และเคมีภัณฑ์ละเอียด โครงสร้างหลายหน้าที่ช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโพลิเมอร์และเดนดริเมอร์ ซึ่งต้องการการจัดวางกลุ่มฟังก์ชันในตำแหน่งเชิงพื้นที่ที่แม่นยำ ใช้บ่อยในระบบปล่อยยาควบคุมและการออกแบบโปรดรัก เนื่องจากมีพันธะอะซีทัลที่ย่อยสลายได้ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวทำละลายพิเศษและกลยุทธ์การป้องกันกลุ่มในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน โดยกลุ่มดีออกซานทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่ไฮดรอกซี ช่วยควบคุมปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งได้อย่างมีประสิทธิภาพ เหมาะสำหรับการสังเคราะห์สารชีวภาพหรือโมเลกุลซับซ้อนที่ต้องการความจำเพาะสูง