ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบไซคลิกอื่นๆ ที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในงานผลิตสารที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ออกซิมของอัลดีไฮด์ในโมเลกุลสามารถทำปฏิกิริยาต่อไปได้หลายแบบ เช่น การเปลี่ยนเป็นไนไตรล์ หรือการรีดิวซ์เป็นแอมีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการสร้างโครงสร้างของสารออกฤทธิ์ โครงสร้างไซโคลเฮกซีนยังช่วยให้เกิดการปรับแต่งเพิ่มเติมได้ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการพัฒนาสารใหม่ในห้องปฏิบัติการวิจัย โดยเฉพาะในสาขาเคมีอินทรีย์และเภสัชกรรม