สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในขั้นตอนการป้องกันกลุ่มไฮดรอกซิล (hydroxyl protection) ในโมเลกุลของสารอินทรีย์ เนื่องจากกลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) ที่ติดอยู่กับออกซิเจนของ cyclohexanone สามารถป้องกันไม่ให้กลุ่มไฮดรอกซิลทำปฏิกิริยาในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ที่ซับซ้อนได้ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตยาและสารชีวโมเลกุลที่มีความซับซ้อนสูง โดยช่วยให้สามารถควบคุมและปรับแต่งโครงสร้างของโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ