1,3-Bis(difluoromethoxy)benzene ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรกรรม โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีกลุ่ม difluoromethoxy ช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบสุดท้าย สารเคมีนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โดยกลุ่ม difluoromethoxy ช่วยให้การทะลุผ่านกำแพงเลือด-สมองดีขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยคุณสมบัติทางเคมีช่วยให้มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น ความสามารถของสารประกอบนี้ในการทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมต่าง ๆ โดยเฉพาะในภาคสารเคมีละเอียด