1,3,5-ทริฟลูออโร-2-เมทอกซีเบนซีน ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากมีโครงสร้างที่มีฟลูออรีนและหมู่เมทอกซี ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาที่เฉพาะเจาะจง มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตรเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าเชื้อรา ในด้านอุตสาหกรรมอื่น ๆ อาจใช้เป็นส่วนประกอบในการผลิตวัสดุพิเศษ เช่น พอลิเมอร์และสารเคลือบผิวที่มีความทนทานต่อสารเคมีและอุณหภูมิสูง