(R)-3-Isopropylmorpholine hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ คุณสมบัติแบบ chiral ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยาที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer โดยเฉพาะในด้านการรักษาโรคระบบประสาทส่วนกลางและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยคุณสมบัติโครงสร้างช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้ดีขึ้น ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารนี้ยังมีประโยชน์ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน