(5-Chloro-2-fluorobenzyl)hydrazine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์หลากหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มุ่งเน้นความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โครงสร้าง hydrazine moiety ทำให้สารนี้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตโรไซคลิก ซึ่งถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการค้นพบและพัฒนายา ความสามารถในการทำปฏิกิริยาของสารประกอบช่วยให้สามารถนำเข้าหมู่ฟังก์ชันเฉพาะ สนับสนุนการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพตามต้องการ