(4-(Trifluoromethoxy)benzyl)hydrazine dihydrochloride ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่าง ๆ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพสำหรับโรคทางระบบประสาท เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนและเสริมสร้างคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาของสารนำ (lead compounds) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการจัดทำยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของสารนี้ช่วยให้สามารถนำกลุ่ม trifluoromethoxy เข้ามา ซึ่งสามารถปรับปรุงความเสถียรและกิจกรรมของผลิตภัณฑ์สุดท้ายทั้งในด้านการแพทย์และการเกษตร