(2-Bromo-6-methoxypyridin-3-yl)methanamine ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่โบรโมและเมทอกซี ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในปฏิกิริยาครอสคัปปลิ้ง เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ลิแกนด์สำหรับปฏิกิริยาที่มีตัวเร่งปฏิกิริยาโลหะ ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ การประยุกต์ใช้ส่วนใหญ่เน้นที่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งช่วยในการสร้างตัวแทนบำบัดใหม่และวัสดุที่มีฟังก์ชัน